스위스 베른의 고전문헌학 교사인 그레고리우스(제레미 아이언스)는 아내와 이혼하고 자식도 없이 쓸쓸한 일상을 살아가고 있다. 여느 날과 다름없는 출근길, 그는 다리 위에서 투신자살을 하려는 한 여인을 우연히 보고 본능적으로 그녀를 구한다. 그녀를 학교로 데리고 온 그는 그녀가 학교를 떠나자 수업까지 내팽개치고 그녀를 쫓아간다. 그녀가 두고 간 겉옷에서 책 한권과 리스본행 열차표를 발견한 그는 그녀를 만나 겉옷을 줄 요량으로 기차역까지 가지만 그녀는 보이지 않는다. 이쯤이면 최선을 다했고 다시 자신을 기다리고 있는 학생들과 일상으로 돌아가는 것이 정상적인 일이건만 그는 출발하는 기차를 보며 순간 잠시 망설이다 그 기차에 올라탄다. 알 수 없는 생(生)의 힘에 이끌려 기차를 탄 그는 기차 안에서 그 책에 흠뻑 빠지게 된다. 리스본에 도착한 그는 책의 저자인 아마데우(잭 휴스턴)를 만나기 위해 무작정 그의 집을 찾아간다.

이렇듯 영화는 먼저 우리의 삶이 논리와 인과율에 따라 직선으로 움직이지 않음을 보여준다. 이후 텅 비어 있던 그레고리우스의 시간은 충만한 시간으로 바뀐다. 교장이 해직시킨다고 전화를 해도 그는 굳건하다. 그곳에서 그는 안경도 바꾸고 새 안경으로 세상을 바라본다. 그는 아마데우의 주변 사람들의 기억을 통해 죽어 있던 과거를 현재로 다시 불러 되살아나게 한다. 그는 길지 않았던 아마데우의 삶을 통해 그의 열정과 사랑, 소신과 신념을 바라본다. 아마데우의 충만했던 시간을 통해 그도 죽어 있던 자신의 삶에 대한 열정이 여전히 살아 있음을, 그리고 다시 타오르고 있음을 느낀다.