독개구리 빌리(엄상현)는 청개구리들 사이에서 외톨이로 지낸다. 빌리는 점프도 수영도 심지어 벌레를 잡는 것도 무서워하는 ‘개구리답지 못한’ 개구리다. 유일한 친구는 날다람쥐 샌디(조현정)뿐이다. 열등감에 휩싸인 빌리는 자신이 사실 저주에 걸린 왕자일 거라는 엉터리 주술사 박쥐의 말을 듣고 공주와 키스를 하기 위해 모험을 떠난다.

같은 제목의 세 번째 시리즈로 오인되지만 <빌리와 용감한 녀석들3>는 <빌리와 용감한 녀석들 3D>(2010), <빌리와 용감한 녀석들2>(2012)와는 아무 관련이 없다. <빌리와 용감한 녀석들 3D>는 주인공의 이름이 빌리였고, 당시 유행하던 개그 크루의 이름을 따와 한국 제목을 만들었다. <빌리와 용감한 녀석들2>도 내용은 전편(?)과 전혀 관련이 없지만 같은 개그 크루가 더빙에 참여했기에 마케팅 편의상 제목을 똑같이 지은 것으로 보인다.

이야기를 끌어가는 방식이 저연령층 어린이의 눈높이에 맞게 아주 단순하다. 그래서인지 아이를 데리고 극장을 찾을 성인 관객에겐 다소 인내심이 필요해 보인다. 그런 와중에 의외로 깊이 있는 주제를 다루기도 한다. 가령 생태계 안에서 인간이 최고의 존재가 아니라는 교훈이 그러하다. 빌리와 정글 친구들은 인간이 자신들보다 우월한 존재라는 환상을 갖고 있다. 하지만 후반부에서 최후의 악당으로 등장한 인간을 보고 개구리들은 충격에 빠진다. 그 밖에도 열등감을 긍정적으로 극복하는 법, 상대의 단점보다 장점을 크게 보는 법 등 어린 관객에게 익숙한 방식으로 교훈을 각인시키는 면모가 사려깊다.