사진작가 서진(신민아)은 헤어진 남자 친구 현민(이승룡)의 지독한 스토킹으로 목숨을 잃을 뻔했다. 하지만 법원은 현민에게 집행유예 선고를 내리고, 현민은 전자발찌를 끊고 도주하기에 이른다. 생명에 위협을 느낀 서진은 그 즉시 멀리 떨어져 사는 쌍둥이 여동생 서인(신민아)의 집으로 향한다. 하지만 죽음은 이미 동생 집 안에 당도해 있다. 서진은 지하실에서 목매달아 죽은 동생을 발견한다. 지인들은 최근 받은 눈 수술 결과에 실망한 서인이 자살했다고 말하지만, 서진은 동생이 살해당했음을 직감한다. 평소 서인은 자신의 시각장애가 오히려 작품 활동에 도움이 된다고 생각했고 실제로 도예가로서 성공했기에 자살할 리 없다고 생각한 것이다. 죽은 동생의 집에 은신하게 된 서진은 모계 유전으로 나날이 시력을 잃어가는 가운데 누군가가 자신을 바라보고 있는 것만 같은 불안을 느낀다. 영화 <눈동자>는 이처럼 몸으로 느끼는 공포를 겹겹이 포개며 관객을 조여온다. <싸이코> <마더> <유전>처럼 모계에서 비롯된 공포를 서스펜스의 연료로 삼으며 질주하지만, 관객에 따라서는 그 서스펜스가 익숙한 이야기일 수 있다. 원작은 스페인영화 <줄리아의 눈>이다.