꼬마 보트 토토(엄현정)는 작은 어촌 마을 코지만을 지키는 구조선이다. 폭풍우가 닥친 밤, 화물선 비니(김용준)가 검은 동굴에서 표류하고 있다는 구조 신호를 받고 출동해 힘겹게 구출해낸다. 조류가 심한 바다에 위치한 검은 동굴은 썰물 때 들어갈 수 있고, 밀물 때는 동굴 바위에 부딪힐 위험이 큰 곳이다. 비니를 구출한 덕분에 토토는 코지만의 영웅이 되고, 그의 명성은 순식간에 대도시 빅 항구까지 퍼진다. 빅 항구의 운영을 맡고 있는 크루즈 퀸은 토토에게 빅 항구에 영웅이 필요하니 이곳의 안전을 지키는 구조선이 되어달라는 제안을 한다. 토토는 기분 좋게 퀸(송도영)의 제안을 받아들인다. 빅 항구에서 일하게 된 토토는 배들이 하나둘씩 사라진다는 소문을 듣고 조사에 나선다.

<꼬마 보트 토토 : 타요 타요 배 타요>는 꿈 많고, 그만큼 의욕도 많은 초짜 구조선 토토가 용기를 내 위기에 처한 친구들을 구하는 이야기다. 사람 얼굴을 한 기차 캐릭터가 등장하는 <토마스와 친구들> 시리즈, 사람 얼굴을 한 변신 비행기가 등장하는 <출동 슈퍼윙스>가 그렇듯이 이 애니메이션 역시 사람 얼굴을 한 배들이 다양하게 등장해 어린이 관객의 눈을 떼지 못하게 할 듯하다. 배 캐릭터가 다양하고, 크고 작은 반전들이 극에 심어져 있는 까닭에 아이를 데리고 극장을 찾은 부모 관객도 지루해하지 않을 것 같다.