밤이 되어야만 움직일 수 있는 소년 자경단, 닌자터틀 4인방은 여전히 혼란한 뉴욕 시내를 지키고 있다. 전편에서 감옥에 갇혔던 사상 최악의 범죄자 슈레더(브라이언 티)는 복수를 꿈꾸며 탈옥해 외계 괴물 크랭과 손을 잡고 신비의 보랏빛 약물을 손에 넣는다. 슈레더의 호송을 담당했던 경관 케이시 존스(스티븐 아멜)는 슈레더의 타임워프와 닌자터틀을 목격했다는 증언을 하지만 서장 빈센트(로라 리니)는 그 말을 믿지 않고 케이시를 정직 처분한다. 하는 수 없이 케이시는 슈레더의 위험천만한 복수극을 막기 위해 닌자터틀 4인방과 손을 잡는다.

닌자터틀 4인방과 에이프릴 오닐(메건 폭스)의 재회를 부각한 전편에 비해 <닌자터틀: 어둠의 히어로>는 시리즈의 아이덴티티를 강화하고 파워풀한 액션물이자 소년 성장담으로서의 매력을 더했다. 긍정적인 점은 4인방 각각의 성격과 10대 소년으로서의 고민이 짙게 나타난 부분이다. 지상세계를 동경하는 미켈란젤로는 인간을 동물로 바꾸고, 동물을 인간으로 바꾸는 보랏빛 약물을 탐낸다. 리더 레오나르도는 미켈란젤로를 저지하고 그 모습을 본 라파엘은 레오나르도에게 불만을 품는다. 도나텔로는 반목하는 형제들 사이에서 난감해한다. 소년들은 치고받고 싸우다가도 강력한 적이 등장하자 의리와 우애로 다시 연대한다. 수준 높은 CG는 액션의 스펙터클과 틴에이저의 혼란한 감성까지 섬세하게 드러낸다. 10대 관객에겐 호쾌한 액션물로, 그 이전 세대 관객에겐 오만 팝컬처가 현란하게 혼합된 개성적인 텍스트로 받아들여질 만한 영리한 기획물이다.