신입생 조쉬(셰인 하퍼)는 철학입문 수업에서 래디슨 교수(케빈 소르보)를 만난다. 무신론자인 교수는 신을 이야기하는 시간 낭비는 하지 말자며 학생들에게 “신은 죽었다”라는 문장을 적어내라고 한다. 독실한 신자인 조쉬는 그의 요구에 반박하며, 신의 존재를 증명해내겠다고 선언한다.

신실하고 부지런한 신입생이 교수의 권위에 맞서 자신의 믿음을 향해 내달린다는 영화의 뼈대는 합당한 이유를 제시하며 신의 존재를 증명해내는 과정을 담았을지도 모른다는 기대를 심는다. 하지만 <신은 죽지 않았다>는 노골적으로 신앙을 간증하는 개신교 영화의 틀에서 한치도 벗어나지 않는다. 주변의 반대를 등지고 반론을 이어나가기로 마음먹은 조쉬는 교회에서 만난 목사에게서 “머리로 하지 말고 가슴으로 진실을 말할 것”이라는 조언을 받는다. 이 조언을 조쉬보다 영화가 더 열심히 따라간다. 논리적으로 신을 증명하는 방향에서 실패하는 조쉬는 무신론자인 교수의 사연을 파고들어 그를 추궁하는 식으로 자신의 믿음을 단단히 다지고, 학생들 역시 조쉬의 손을 들어준다. <신은 죽지 않았다>는 암 선고를 받은 좌파 기자 에이미, 이슬람교를 등지고 가족에게 버림받은 채 개신교를 택한 아이샤, 속물인 오빠와 독선적인 애인에 굴복하지 않고 신앙을 굽히지 않는 미나를 경유하는 헐거운 이야기들을 거치면서 제 목적을 황급히 늘어놓고서 “모든 지인들에게 문자를 보내 보세요. 신은 죽지 않았습니다”라는 자막과 함께 끝난다.