대재앙 니어 서드 임팩트로부터 14년 뒤 에바 초호기 안에 잠들어 있던 이카리 신지가 깨어난다. 14년간의 기억의 공백으로 혼란스러워하는 신지의 눈앞에 펼쳐진 세계는 모든 것이 낯설다. 카츠라기 미사토 대령을 비롯한 네르프 구성원 대부분은 네르프에 저항하는 단체 ‘뷔레’를 결성하여 네르프의 인류보완계획을 저지하기 위해 전투를 벌인다. ‘아무것도 하지 마라’는 미사토의 발언에 반발하여 네르프에서 파견된 아야나미 레이를 따라나서는 신지. 그녀가 자신이 알고 있던 레이가 아니란 사실을 깨닫고 실망하지만 자신을 이해해주는 친구 나기사 카오루를 만나 위안을 얻는다. 그리고 카오루의 설득으로 모든 걸 원래대로 되돌리기 위해 다시 한번 에반게리온에 탑승할 것을 결심한다.

1997년 극장판의 충격적인 결말을 뒤로하고 10년 만에 새롭게 시작하는 에반게리온 신극장판 시리즈의 세 번째 작품이다. 본격적인 오리지널 스토리로 전개되는 이번 영화는 기존의 세계관을 공유하되 첫 번째 사도인 나기사 카오루가 등장하는 시점부터 전혀 다른 이야기를 펼쳐나간다. 어제의 동료가 오늘의 적이 된 상황에서 포스 임팩트라는 인류의 재앙을 저지하려는 뷔레와 네르프의 대결이 화려하게 펼쳐진다. 130억원의 제작비가 아깝지 않을 만큼 탁월한 비주얼은 물론 새로운 메커닉과 각종 무기들의 향연이 절로 눈길을 끈다. 변화된 캐릭터들과 새로운 캐릭터들의 활약을 보는 재미도 충분해 기존의 팬들은 물론 에반게리온을 전혀 몰랐던 관객도 즐기기에 무리가 없다. 모든 것이 새롭고 낯설며 신선하지만 한편으로 특유의 묵시록적인 분위기와 복잡한 설정, 설명 없이 빠른 전개는 여전하다. 여러 가지로 새롭게 단장했지만 여전히 에반게리온답다는 게 최대의 매력이자 한계다.