포켓몬 마스터를 꿈꾸는 지우(마쓰모토 리카)와 피카츄(오오타니 이쿠에)가 이번에는 현실 세계의 이면으로 향한다. 포켓몬 세계에는 현실 세계와 그 짝패인 반전 세계가 존재한다. 반전 세계는 현실 세계의 혼란함을 받아안음으로써 현실 세계를 지탱하는 공간이다. 만일 현실에서 어떤 사건이 펼쳐진다면 반전 세계에는 독을 품은 검은 구름이 피어나고, 이를 조정함으로써 현실 세계는 안전하게 유지된다. 하나처럼 붙어 있지만 누구도 함부로 오갈 수 없는 두 세계는 기라티나가 관장해오고 있다. ‘신이라 불리는 포켓몬’ 중 하나인 기라티나는 마치 지옥문을 지키는 하데스처럼 현실과 반전 세계를 관통한다. 그러던 어느 날 기라티나와 반전 세계에 위험이 닥친다. 전작 <극장판 포켓몬스터DP: 디아루가 vs. 펄기아 vs. 다크라이>에서 아라모스 마을을 위험에 빠뜨린 디아루가와 펄기아가 펼치는 전쟁 탓이다.

‘시간의 신’인 디아루가와 ‘공간의 신’인 펄기아는 서로의 영역을 침범했다고 오해해 전쟁을 펼치고 이때 현실의 시공간이 뒤틀린다. 그 영향으로 반전 세계는 검은 구름으로 뒤덮인다. 분노한 기라티나는 자신의 세계를 더럽힌 디아루가와 펄기아를 찾아나서고, 디아루가를 공격하지만 실패하고 만다. 고슴도치를 닮아 작고 귀여운 포켓몬 쉐이미가 끼어들어서다. 설상가상 디아루가가 기라티나를 반전 세계에 가둔 채 사라지는 바람에 복수는 요원해진다. 기라티나는 현실 세계로 향할 방법을 찾기 위해 쉐이미를 쫓는다. 갑작스레 등장한 의문의 악당 제로와 사건의 키를 쥔 무한 그레이스랜드 박사가 지우보다 중요한 배역을 맡아 아쉽지만, 매력적인 폼 체인지 포켓몬 쉐이미와 신화를 각색한 반전 세계의 작화는 풍성한 볼거리다.