코토(요시오카 히데타카)는 시키나섬에 한곳뿐인 진료소를 20년간 이끌어온 베테랑 의사다. 주민들은 자전거를 타고 섬 곳곳으로 왕진을 다니는 그에게 진심 어린 존경을 보낸다. 그러나 맑디맑은 섬의 일상에 점차 먹구름이 끼기 시작한다. 인구 감소와 고령화로 진료소가 통폐합될 위기에 놓이고 코토마저 백혈병 진단을 받는다. 도쿄 출신 한토(다카하시 가이토)가 의료 연수를 왔지만, 코토의 빈자리를 메우긴 역부족이다. 문제는 의사 한명에 섬 전체가 의지해야 하는 열악한 구조에 있다. 코토는 환자들을 눈앞에 두고 섬을 떠날 수가 없어 깊은 고민에 빠진다. 그 와중에 태풍이 섬을 강타한다는 불길한 소식이 들려온다. 영화는 만화와 드라마로 큰 사랑을 받았던 <닥터 코토 진료소>의 후속작이다. 요시마타 료의 선율이 섬마을의 전경을 감싸며 일본 특유의 정겨운 분위기를 끌어올린다.