홋카이도 하코다테 지역에 있는 오노에 일가 창고에 괴도 키드의 예고장이 날아온다. 그가 훔치려 하는 것은 바로 에도시대 신선조(준군사조직 중 하나) 히지카타 토시조 부장에 얽힌 전설적인 검. 이때 검술대회를 위해 하코다테를 방문한 핫토리 헤이지와 그를 응원하기 위해 찾아온 코난 일행은 괴도 키드를 막기 위해 손을 뻗는다. 한편 창고 거리에서 독특한 상처로 죽음을 맞이한 시체 한구가 발견되고, 죽음의 상인이라 불리는 일본계 미국인 무기 상인이 유력한 용의자로 지목된다. 그 또한 괴도 키드와 같은 검을 노리고 있다는 것이 밝혀지면서 검의 실체와 위력, 이를 둘러싼 오랜 진실도 함께 드러난다. <명탐정 코난> 극장판 시리즈 최초 누적 관객수 천만명을 달성한 <명탐정 코난: 100만 달러의 펜타그램>은 여느 범죄영화를 연상시키는 묵직한 스토리라인에 몰입을 고양시키는 적재적소의 음악, 각 인물의 특징을 생생하게 살려낸 괴도 키드 VS 핫토리 헤이지 대결 구도 등 섬세하게 세공된 요소들이 눈에 띈다. 압도적인 오프닝 시퀀스부터 놀라운 비밀을 암시하는 엔딩까지 탄성이 연속된다.