고질라와 콩의 혈투가 끝나고 지구는 할로우 어스라는 새로운 질서를 마주한다. 학자들을 파견해 연구에 나선 모나크는 강력한 파장을 감지한다. 앤드루스 박사(리베카 홀)도 장성한 지아(케일리 하틀)가 같은 시기에 이상한 낌새를 느꼈음을 알게 된다. 동면에 빠진 고질라도 의문의 신호에 눈을 뜨고 움직이자, 박사는 지아와 버니(브라이언 타이리 헨리) 그리고 타이탄 전문 수의사인 트래퍼(댄 스티븐스)와 단서를 찾으러 할로우 어스로 떠난다. 한편 동족을 찾아 나선 콩은 갑자기 생긴 싱크홀을 타고 도착한 곳에서 폭군 스카 킹과 대면한다. <고질라 VS. 콩>이 모두가 고대한 최후의 매치업이었다면, <고질라 X 콩: 뉴 엠파이어>는 몬스터버스의 확장 가능성을 탐구하는 변곡점이다. 몬스터버스는 이제 박살낼 세계가 없다면 새로운 세계를 더 만들자는 입장을 취한다. 전작에서 다뤄진 할로우 어스는 폭발적인 확장을 통해 여러 괴수를 등장시켜도 넉넉한 무대가 되었다. 여전히 인간들은 새로운 세계관을 설명하기 바쁘지만 괴수들은 그 설명을 들을 여유조차 없이 싸움에 몰두한다. 방대해진 할로우 어스가 괴수들의 크기를 약화시켰다는 아쉬움도 있지만 스크린을 가득 채운 직관적인 각축전의 연속은 괴수물의 매력을 극대화시켰다.