아리시엘 성이 무너지는 악몽에서 깨어난 쥬쥬(박선영). 평화롭기만 하던 선샤인빌에 무언가 불길한 일이 닥쳐올 것만 같은 예감에 휩싸인다. 친구들을 만나 잠시 기분을 추스르지만, 이내 포악해진 식물들이 마을을 공격하기 시작한다. 마법의 힘으로 식물들을 물리친 쥬쥬는 이번 사건이 앞으로 펼쳐질 일들의 서막에 불과하다는 것을 직감한다. 쥬쥬는 친구들과 함께 크고 작은 사건들을 하나씩 헤쳐나간다. 선과 악의 균형을 지켜온 별의 보석, 쥬비쥬들이 든든한 조력자로 함께한다. <시크릿쥬쥬 마법의 하모니>는 K마법공주물의 아이콘으로 자리 잡은 시크릿쥬쥬가 13년 만에 선보이는 첫 극장 개봉작이다. 선샤인빌에서 벌어지는 다양한 소동을 에피소드 형식으로 풀어낸 이야기는 TV애니메이션 시리즈를 연상시킨다. 모든 사건이 마법의 하모니로 손쉽게 해결되는 단순한 전개가 시청층을 어린이로 한정 짓는다.