영화<칸다하르>는 어린시절 단짝친구를 절망의 땅에서 구하고자 했던 한 친구의 아름다운 용기와 그녀의 이야기에 감동 받은 한 영화인의 만남에서 시작되었다.

아프가니스탄 내전 중에 조국을 탈출한 '나파스'는 캐나다에서 새 삶을 살고 있다. 캐나다에서 저널리스트로 활동중인 나파스는 아프가니스탄에 홀로 남겨졌던 여동생으로부터 개기일식이 있는 날 스스로 목숨을 끊겠다는 절망적인 편지를 전해 받는다.

나파스는 여동생의 자살을 막기 위해 칸다하르로 되돌아 가기로 마음먹는다. 혼자의 몸으로 칸다하르까지 간다는 것이 쉽지 않다는 사실을 너무 잘 알고 있는 나파스는 자신의 불확실한 미래에 대비해, 동생을 만나기까지의 여정을 테이프레코더에 직접 녹음하면서 위험천만한 사막여정에 오른다......

이란에서 칸다하르로 돌아가는 가족의 네 번 째 부인으로 위장하기도 하고, 코란학교에서 퇴학당한 소년 칵에게 돈을 주며 칸다하르로 가는 길 안내를 부탁 등 낯선이들의 손에 의지해 여동생을 찾아간다. 중간에 우물물을 잘못 먹어 찾아간 임시병원에서 나파스는 미국계 흑인의사를 만나게 되는데, 사히브라는 이름의 이 의사는 사실 소련과의 성스러운 전투를 위해, 아프가니스탄에 오게 된 무자헤딘(성전을 치르는 전사)중의 한사람이었다.

그러나 신을 찾아온 땅에서 본의 아니게 사람을 살리는 일을 하게 됐다는 사히브는 나파스가 칸다하르로 들어갈 수 있도록 최대한 힘써준다. 결국 사히브의 도움으로 나파스는 적십자 막사에서 만난 남자와 함께 칸다하르로 가는 결혼식 무리들에 섞여 칸다하르로 들어가지만.....