아버지와 남편이 나치의 학살정책에 총살당하고 어린 두 자녀 역시 소피와 함께 수용소로 끌려가는 상황에서, 한 독일장교가 소피에게 추근덕거리고 한 명의 아이만을 살려주겠다고 한다. 두 아이 중 가스실에 보낼 아이 하나를 선택해야 했던 소피는 딸을 선택해버리고 멀어져가는 딸을 보며 소피는 오열한다.
우여곡절끝에 유창한 독일어 실력과 비서 경력을 인정받아 아우슈비츠 사령관의 비서로 일하게 된 소피는 어린이 수용소에 있는 아들을 살리기 위해 사령관을 유혹하는데 성공한다. 하지만 그는 약속을 이행하지 않고 게다가 사령관이 숙청당함으로써 아들의 생사도 확인하지 못한 채, 다시 수용소로 끌려가게 된다. 전쟁이 끝나고 스웨덴 난민 수용소에서 소피는 자살을 기도한다. 인간하의 수용소 생활도 버텨온 강인한 그녀였지만, 신에게서 버림받았다고 느껴지자 삶에 의욕을 잃은 것이었다.
그러다가 미국까지 오게 된 소피는 유태인 네이단을 만난다. 그는 평소에는 소피에게 더없이 잘 대해주지만 가끔씩 광적인 행동을 하는 정신이상자이다. 그러던 어느날 스팅고라는 소설가 지망생이 아랫층에 묵게 된다. 스팅고는 곧 네이단, 소피와 친한 친구가 된다. 그들과 친해지면서 스팅고는 조금씩 소피에게 끌리게 되며 사랑하게 되지만 표현하지는 않는다.
그러던 중, 네이단의 광기에 의해 소피는 그와 헤어지게 되고, 이에 용기를 낸 스팅고는 소피에게 사랑을 고백한다. 하지만 소피는 다시 네이단을 찾아가는데...