1부 스토리 12년간의 전쟁 뒤, 폴 무아딥(폴의 프레멘 이름/본명 폴 아트레이드)은 아라키스와 전 우주를 통치한다. 하지만 프레멘의 구세주였던 폴의 존재는 이제 저주가 되어 버렸으며, 살루사 세쿤더스 행성으로 쫓겨난 코리노 가문에서는 웬시시아 공주를 중심으로 다시 황제의 제위를 되찾고자 하는 음모가 진행된다. 폴은 아라키스에 우주 연합 대사관을 설치하고 우주 연합에선 그에 대한 선물로 골라(복제인간 혹은 기계 인간)이자 멘타트(인간 컴퓨터로서의 훈련을 받은 자들)로 훈련 받은 아이다호 던컨을 준다. 페다이킨의 사령관인 오시엄은 함정에 빠져 자신의 딸이자 안면 무용수인 리시나를 폴에게 보내 프레멘인들이 폴에게 대항하려 한다는 소식을 전하고, 오시엄을 만나고 돌아가던 폴은 스톤버너(핵무기 혹은 신형 폭탄으로 파괴하거나 눈을 멀게 함)에 의해 눈을 잃는다. 샤담 4세 황제가 죽음을 맞이하고 그의 장례식에서 우주 연합 대표를 만난 웬시시아 공주는 스파이스를 차지하기 위해 스파이스를 만드는 모래 벌레를 납치하려는 계획을 세운다. 계속해서 자신의 아이에 대한 에지를 보던 폴은 아내 채니와 함께 아이를 낳기 위해 프레멘 부족의 사막 거주지인 시치로 떠나지만 채니는 쌍둥이를 낳고 죽는다. 2부 스토리 프레멘의 구세주인 폴 무아딥이 사막으로 사라진 지 10여 년의 세월이 흘렀다. 폴의 여동생 알리아는 폴의 뒤를 이어 섭정에 올라서 제국과 우주를 통치하고 폴의 쌍둥이 자식인 레토와 가니마는 구세주의 피를 이어받은 인물들로서 추앙 받고 있으며 베네 제세리트와 인연을 끊은 이루란 공주가 두 아이들 돌보고, 알리아는 골라로 다시 태어난 아이다호 던컨과 결혼한 상태이다. 폴의 두 아이들인 레토와 가니마는 태어날 때부터 아버지뿐만 아니라 조상의 경험과 기억까지 모든 걸 물려받았다. 그들도 알리아와 같은 프리본으로 그들은 어린 아이들이었지만 그들 마음속에 있는 것은 수세대의 아트레이디스 가문의 경험을 모아 놓은 것이었다. 이 아이들은 자신들이 물려받은 예지 능력으로 자신들에게 새로운 무언가가 다가오고 있다는 것을 느끼고 있었다. 한편 폴이 황제에 오른 뒤에 모행성 칼라단으로 돌아갔던 폴의 어머니인 레이디 제시카와 거니 할레크는 폴이 사라졌단 소식에 아라키스 행성으로 돌아온다. 하지만 제시카가 돌아온 순간 전도자라고 자처하는 눈 먼 예언자가 나타나 아라키스에 재앙이 내릴 것을 예언한다. 그리고 제시카를 죽이려는 테러가 발생하고 그 테러범은 '자카루투'란 말을 남기고 자살한다. 알리아는 태어날 때 그녀의 어머니 제시카가 임신 중에 마셨던 성수의 영향으로 수많은 영혼들로부터 자신을 지키고자 어려움을 겪고 있었다. 하지만 점차 영혼들에게 굴복 당하였고, 마침내 그녀가 과거에 죽였던 하코넨 남작의 환영에 사로잡히고 만다. 하코넨의 환영에 조종당하는 알리아는 스파이스를 과다 섭취하면서 점차 예지력을 잃어 갔고, 폴의 두 아이들에게서 자신의 미래를 얻고자 한다. 살루사 세쿤더스 행성으로 쫓겨난 코리노 가문에서는 다시 황제의 제위를 되찾으려는 음모는 계속 진행되고 프라든의 어머니, 웬시시아는 레토와 가니마를 죽이고자 계획을 세운다. 프라든은 캐놀라 가문의 달라크 백작과 웬시시아 공주의 결혼으로 태어난 인물로서 달라크 백작이 의문의 사고로 사망한 뒤에 코리노의 성을 따르게 되었으며, 웬시시아는 그녀의 아들을 황제에 올리고자 하는 계획을 꾸미고 사다우카 경비대장인 타이카닉(타이야크)에게 실행을 맡기고 있었다. 웬시시아와 타이카닉은 맹수를 훈련시켜서 가니마와 레토를 암살하고자 한다. 아라키스 행성은 과거 모래 혹성에서 푸른 행성 변해 가면서 겉모습은 좋아 보이지만 생태계의 균형이 깨지면서 모래 벌레는 줄어들고 그와 함께 스파이스의 채집도 감소된다. 하지만 알리아는 극단적인 선택을 한다. 레토와 가니마는 자신들의 운명이 이끄는 대로 가기로 결심하고, 레토가 환상으로 본 황금의 길, 자쿠루투를 찾아 떠난다. 하지만 웬시시아의 음모로 두 마리의 맹수가 그들을 뒤쫓는다. 3부 스토리 하코넨 남작의 영혼에 시달리는 알리아의 학정으로 아라키스는 혼란에 빠진다. 맹수에게 쫓기던 가니마는 정신을 차린 뒤 죽어 있는 맹수를 보지만 레토는 사라지고 없다. 레토는 혼자서 황금의 길, 자카루트를 찾아 떠난 것이다. 가니마는 레토가 죽은 것으로 생각하고 제국으로 돌아간다. 그리고 모든 사람들이 레토의 죽음을 받아들인다. 한편 레토는 자카루트로 가서 '추방자'들을 만나 위기를 맞게 되지만 위기를 극복한 레토는 모래 벌레와 결합해 엄청난 능력을 가지게 된다. 그리고 사막에서 아버지 폴 무아딥을 만나 제국으로 돌아간다. 아이다호 던컨은 제시카를 데리고 웬시시아 공주가 있는 살루사 세쿤더스 행성으로 가고 제시카는 베네 제세리트로서 웬시시아의 아들인 프라든의 스승이 된다. 아트레이디스 가문과 코리노 가문은 손을 잡으려 하고, 가니마 아트레이디스와 프라든 코리노의 결혼이 진행된다. 레토가 돌아왔을 때 아이다호 던컨을 죽인 스틸가를 주축으로 한 부족들과 알리아 간에 전쟁의 기운이 감돈다. 하지만 알리아는 결국 자신을 지배하고 있던 하코넨에게서 벗어나기 위해 자살을 선택하고 레토는 모래 벌레와 한 몸이 되어 버림에 따라 다른 사람이 가질 수 없는 엄청난 수명과 권능, 예지 능력을 가지게 되지만 점차 인간의 모습을 잃어 간다. 그리고 그의 통치는 몇 천 년 간 이어진다. 주제 프랭크 허버트의 SF 소설 '듄'은 하나의 세계를 창조했다는 평가를 받고 있다. 불모의 사막지대로 덮인 모래 혹성 '아라키스'(별칭 듄)에는 우주 전체에서 가장 귀한 물질인 '스파이스'가 생산된다. 스파이스는 인간의 의식세계를 확장시키며 생명을 연장시키는 물질. 이를 지배하는 자가 우주를 지배한다. 스파이스를 둘러싸고 권력의 투쟁이 벌어진다는 것이 기본줄거리이다. 소설 '듄'은 출간과 함께 베스트셀러에 올랐고 네뷸러 상(1965), 휴고 상(1966), 로커스 폴 상(1975·1987·1998) 등을 수상하며 평단의 찬사와 대중적 지지를 함께 받은 영미 SF의 고전. 65년 첫 권이 나온 뒤 1985년에 이르기까지 20년 동안 6부작으로 쓰여졌다. 1부 - 듄(Dune, 1965)을 시작으로 2부 - 듄, 메시아(DUNE Messiah, 1969), 3부 - 듄의 후예들(Children of Dune, 1976), 4부 - 듄의 신, 황제(The God-Emperor of Dune, 1981), 5부 - 듄의 이단자들(Heretics of Dune, 1984), 6부 - 듄의 신전(Chapterhouse of Dune, 1985)에 이르렀는데, 듄의 신전을 집필하던 중 1986년 2월 66세의 나이로 프랭크 허버트가 세상을 떠나게 되어 듄의 세계는 안타깝게도 미완성으로 끝나게 되었다.