독도를 둘러싼 영유권 문제와 역사왜곡 등으로 한일간의 갈등이 극도로 고조된 시점.

전 해양 연구소 연구원 상혁은 해양탐사 도중 애인을 잃고 동해의 작은 섬마을로 들어와 세상과 단절된 삶을 살아간다. 어느날 이런 상혁에게 후배 태진이 워싱턴포스트지 일본 특파원 기자인 지니를 데리고 찾아온다. 한국계 입양아인 지니는 한·일간 문제의 중심에 있는 독도를 직접 보기 위해 휴가차 한국을 방문한 것.

그러나 지니가 섬에 도착한 첫날 마을에서 해녀 해숙이 죽는 사건이 발생한다. 예리한 칼날에 베인 듯한 상처...주민들은 상어의 짓이라고 생각하지만 상혁 일행은 해숙의 죽음에서 이상한 점을 발견한다.

해숙의 죽음에 의문을 품은 상혁 일행은 최근 섬에 자주 나타나 수중 촬영을 한다며 돌아다니던 일본인들을 떠올리고 이들의 가이드를 맡았던 김씨를 찾아간다. 그리고 김씨로부터 일본인들이 독도 근해의 바닷속에서 무엇인가를 촬영했다는 말을 듣는다. 결국 바닷속을 탐사하기로 결정하는 세 사람. 단순한 살인 의혹으로부터 시작된 이들의 수중탐험은 예기치 못한 엄청난 음모와 위험에 휘말리게 되고...