에드워드 엘릭과 알퐁스 엘릭 형제는 어머니를 살려내기 위해 금지된 인체연성을 시도하다 치명적인 사고를 당했다. 형인 에드워드는 육신을 잃어버린 알퐁스의 혼을 갑옷에 깃들게 하고, 자신도 팔과 다리를 잃어버리는 댓가를 치른다. 고투 끝에 알퐁스의 육신을 되찾는 데는 성공하지만 두 사람은 각기 다른 세계로 떨어져 버린다. 그리고 알퐁스는 육신을 잃어버린 이후부터의 기억을 상실한다.

알퐁스는 아메스트리스에 남지만 에드워드는 1923년의 뮌헨으로 떨어졌다. 1차 세계대전 패배 이후 혼란한 독일에서 에드워드는 아메스트리스로 돌아가기 위해 고심을 거듭한다. 그 와중에 이상향인 샴발라로 가는 길을 찾는 자들의 음모가 에드워드에게 아메스트리스로 돌아갈 수 있는 기회를 주지만, 아메스트리스는 그로 인해 위기에 빠지게 되는데...