주식 중개인으로 평범한 삶을 살던 '닉 할로웨이'는 동료 대신 '매그네스코픽스 연구소'의 세미나에 참석했다 우연한 폭발사고로 건물과 함께 몸이 투명해진다. 투명인간이 된 것이다. 이를 알게 된 CIA요원 '데이빗 젠킨스'는 우유부단한 부장에게, 상부에 보고하지 않고 아무도 모르게 닉을 붙잡아 첩보요원으로 만들면, CIA의 실권을 쥐게 될 것이라고 꼬드겨, 닉 사냥에 나선다. 젠킨스를 피해 다니던 닉은 친구 '조지'의 여름 별장으로 가게 되고, 거기서 투명인간이 되기 전에 클럽에서 만나 호감을 갖고 있었던 '앨리스'를 만나게 된다.
그리고 앨리스라면 자신을 도와 줄 수 있으리라는 생각에 앨리스에게 접근, 사실대로 털어놓는다. 얼마 후 두 사람은 뒤쫓아온 젠킨스 일당을 피해 샌디에이고로 가는 기차에 몸을 싣는데, 거기서 앨리스는 잡히고 닉은 마취총에 맞아 강물 속으로 빠져버린다. 구사일생으로 살아난 닉은 젠킨스한테 붙잡힌 앨리스를 구하기 위해 작전을 세우고... 결국 닉의 기지로, 젠킨스와 닉이 같이 건물에서 떨어져 죽은 것으로 처리된다. 하지만 멀쩡히 살아 있는 닉은 앨리스를 데리고 스위스로 유유히 떠난다.
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그리고 앨리스라면 자신을 도와 줄 수 있으리라는 생각에 앨리스에게 접근, 사실대로 털어놓는다. 얼마 후 두 사람은 뒤쫓아온 젠킨스 일당을 피해 샌디에이고로 가는 기차에 몸을 싣는데, 거기서 앨리스는 잡히고 닉은 마취총에 맞아 강물 속으로 빠져버린다. 구사일생으로 살아난 닉은 젠킨스한테 붙잡힌 앨리스를 구하기 위해 작전을 세우고... 결국 닉의 기지로, 젠킨스와 닉이 같이 건물에서 떨어져 죽은 것으로 처리된다. 하지만 멀쩡히 살아 있는 닉은 앨리스를 데리고 스위스로 유유히 떠난다.