우주세기 0087년. 지구에 사는 특권층의 이익을 옹호하는 지구연방군의 엘리트 부대 티탄즈와 식민지 거주민들 편에 선 반연방군조직 에우고의 대립이 격화되던 어느 날. 우주 식민지 그린노아에 사는 고교생 카미유는 연방군에 저항하기 위해 신형 모빌슈트인 건담 Mk-II를 탈취하여 에우고에 투신한다. 티탄즈 측에서는 건담을 되찾기 위해 카미유의 어머니를 인질로 잡지만 카미유의 어머니만 목숨을 잃게 된다. 이에 카뮤는 큰 충격을 받게 된다.

한편 에우고는 연방군 본부로의 강하작전을 펼치고 여기에 참가한 카미유는 파일럿으로서의 천부적인 능력을 발휘한다. 지상에 내려온 카미유는 우주세기 0079년에 벌어진 전쟁으로 영웅이 된 파일럿 아무로 레이를 만나게 되고, 이름을 바꾸고 에우고에 참가했던 아무로의 숙적 샤아도 그의 존재를 감지하게 되는데...