FBI 요원 닉 홀튼은 3년여에 걸친 집요한 추적 끝에 악명높은 범죄자 제레미 바렛을 체포한다. 그는 제레미를 뉴욕까지 이송하고자 하나 상관인 홈스가 하와이로 가서 휴식을 취하라며 만류하자 그 일을 동료인 타자 요원에게 넘긴다. 제레미와 스트라우스 형제 등 죄수 3명의 이송 책임을 맡은 타자는 동료들과 함께 새벽 5시 뉴욕발 콜럼비아 323호에 탑승한다. 잠시 후 FBI 요원의 감시를 받으며 화장실에 간 제레미는 수갑을 풀어주자 무기를 찾으려고 시도하다가 실패한다. 그때 비행기의 엔진에 이상이 발생하면서 기체가 난기류에 휩싸이자 기장은 비상사태를 선포한다. 화장실에서 돌아오던 제레미는 기내의 혼란을 틈타 요원의 총을 빼앗고 여자 승객을 인질로 삼는다.
곧 이어 스트라우스 형제까지 가세하여 비행기를 장악한다. 인질을 위협하여 조종실까지 침입한 제레미는 부상당한 기장 대신 조종을 맡은 부기장 블레이크를 협박하여 관제탑에 연락을 취하도록 한 뒤 인질구출 작전을 펼치면 승객들을 죽일 것이라고 경고한다.
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곧 이어 스트라우스 형제까지 가세하여 비행기를 장악한다. 인질을 위협하여 조종실까지 침입한 제레미는 부상당한 기장 대신 조종을 맡은 부기장 블레이크를 협박하여 관제탑에 연락을 취하도록 한 뒤 인질구출 작전을 펼치면 승객들을 죽일 것이라고 경고한다.