요괴와 인간이 공존하던 일본의 전국시대에, 인간과 요괴 사이에서 태어난 반요 이누야샤는 손에 넣으면 완벽한 요괴가 될 수 있다는 ‘사혼의 구슬’을 노리게 된다. 그 과정에서 이누야샤는 사혼의 구슬을 지키는 무녀 키쿄를 만나 사랑에 빠진다. 그러나 사악한 산적과 요괴 나라쿠의 음모로 이누야샤는 키쿄에게 봉인당하고 키쿄는 사혼의 구슬을 품은 채 죽는다. 그로부터 5백년의 후, 히구라시 신사 가문의 딸 가영은 신사에 있는 '뼈를 먹는 우물' 속으로 빨려 들어가 전국시대로 넘어 온다. 가영이 지니고 있던 사혼의 구슬이 산산조각 나 흩어지게 되자 그녀는 이누야샤와 함께 사혼의 구슬 조각을 모으기 위한 여정에 오른다.