고래섬에서 자연을 벗삼아 뛰놀며 자라 온 소년 곤은 언젠가 아버지처럼 위대한 헌터가 되는 것이 꿈이다. 자신을 키워준 고모 미토는 그가 헌터가 되는 것을 반대해 왔지만, 미토가 조건으로 내건 연못의 주인이라는 거대한 물고기를 낚는데 성공하면서 곤은 헌터 시험에 참가하기 위한 길을 떠난다. 헌터가 되기 위한 갖가지 난관을 헤쳐나가는 가운데 저마다의 목적으로 헌터가 되기를 지망하는 크라피카, 레오리오, 키르아 등을 만나면서 곤은 소중한 친구들을 얻게 되고, 친구들과 힘을 합쳐 여러가지 어려움을 이겨 나가는데